微生物限度檢測儀的反復(fù)使用濾杯和一次性濾杯在以下方面存在差異：

　　1. 成本：一次性濾杯是一次性使用的，因此其成本相對較高。而反復(fù)使用濾杯可以反復(fù)使用，成本相對較低。

　　2. 便捷性：一次性濾杯是一次性使用的，因此使用起來比較便捷，不需要清洗和消毒等步驟。而反復(fù)使用濾杯需要清洗和消毒等步驟，相對較為繁瑣。

　　3. 適用范圍：一次性濾杯適用于一些要求比較高的場合，例如一些需要避免交叉污染的檢測，或者一些需要保證衛(wèi)生質(zhì)量的場合。而反復(fù)使用濾杯適用于一些常規(guī)的檢測，且使用者對衛(wèi)生條件有較高的要求。

　　以上為兩者間最基本的區(qū)別，可以根據(jù)實際使用需求進行選擇。